Analisis Keragaman Genetika Kelapa Kopyor secara Molekuler

Authors

  • Irfan Abdul Fatah Universitas Muhammadiyah Purwokerto, Indonesia
  • Sisunandar Universitas Muhammadiyah Purwokerto, Indonesia

DOI:

https://doi.org/10.30595/pspfs.v8i.1479

Keywords:

Kelapa Kopyor, RAPD, SSR

Abstract

Kelapa kopyor (KC) merupakan tanaman perkebunan bernilai ekonomis tinggi. Namun demikian, tingginya serangan hama dan penyakit, perubahan peruntukan lahan ataupun ancaman bencana alam dapat menyebabkan hilangnya keragaman genetika KC. Dalam penelitian ini dilaporkan hasil analisis keragaman genetika KC secara molekuler. Sampel penelitian yang digunakan terdiri atas 12 varietas atau aksesi KC dan 1 varietas KC hibrida dengan masing-masing digunakan 1 sampai 4 pohon. DNA masing-masing sampel diekstak menggunakan metode CTAB, kemudian diamplifikasi menggunakan teknik RAPD dan SSR. 30 marka molekul RAPD dan 10 marka molekul SSR digunakan pada penelitian ini. DNA hasil PCR dianalisis menggunakan Microchip Electrophoresis-202 MultiNA. Data yang diperoleh dianalisis menggunakan Genalex 6.51. Analisis Kluster dibuat berdasarkan pengelompokkan Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) dan indeks kesamaan dihitung menggunakan Koefisien Jaccard. Visualisasi Dendrogram dan Principal Coordinat Analysis (PCoA) dibuat menggunakan Software Paleontological Statistic 4.03. Hasil penelitian menunjukkan bahwa marka OPA 3 (RAPD) mampu memisahkan varietas KC genjah dengan KC dalam. KC genjah memiliki hasil amplifikasi sebanyak 4 pita dengan ukuran 200 bp, 235 bp, 325 bp, dan 400 bp, sedangkan KC dalam memiliki pita berukuran 130 bp, 200 bp, 235 bp, 325 bp, dan 400 bp. Dengan marka CnCirA9 (SSR), KC genjah memiliki pita DNA sebanyak 1 pita yaitu 70 bp, sedangkan KC dalam memiliki pita DNA hasil amplifikasi dengan ukuran bervariasi antara 70 bp, 80 bp, ataupun memiliki keduanya. Hasil penelitian juga menunjukkan bahwa secara molekuler nilai heterogenitas KC genjah lebih rendah dibandingkan dengan nilai heterogenitas KC dalam baik menggunakan pendekatan RAPD maupun SSR.

References

Antu, M.Y., Maskromo, I. and Rindengan, B. 2020. Potency of Kopyor Coconut Meat as an Ingredient of Healthy Food. Perspektif, 19(2): 95–104.

Asril, M. et al. 2022. Keanerkaragaman Hayati, Jakarta: Yayasan Kita Menulis.

Chung, M.Y. et al. 2023. Neutral and Adaptive Genetic Diversity in Plants: An Overview. Frontiers in Ecology and Evolution, 11: 1–14.

Dasanayaka, P.N. et al. 2009. Analysis of Coconut (Cocos nucifera L.) Diversity using Microsatellite Markers with Emphasis on Management and Utilisation of Genetic Resources. Journal of the National Science Foundation of Sri Lanka, 37(2): 99–109.

Devakumar, K. et al. 2006. Assessment of the Genetic Diversity of Indian Coconut Accessions and Their Relationship to Other Cultivars , using Microsatellite Markers. Plant Genetic Resources Newsletter, (145): 38–45.

Doyle . J.J. and Doyle . J.L. 1987. A Rapid Dna Isolation Procedure for Small Quantities of Fresh Leaf Tissue. Phytochemical Bulletin, 19(1): 11–15.

Kumar, M. et al. 2018. Biochemical and Molecular Markers for Characterization of Chrysanthemum Germplasm?: A Review. Journal of Pharmacognosy and Phytochemistry, 7(5): 2641–2652.

Maskromo, I. et al. 2015. Keragaman Fenotipe dan Genetik Tiga Varietas Kelapa Genjah Kopyor Asal Pati Jawa Tengah. Jurnal Littri, 21(1): 1–8.

Meerow, A.W. et al. 2003. Analysis of Genetic Diversity and Population Structure within Florida Coconut (Cocos nucifera L.) Germplasm Using Microsatellite DNA, with Special Emphasis on the Fiji Dwarf Cultivar. Theoretical and Applied Genetics, 106(4): 715–726.

Perera, L. et al. 2000. Use of Microsatellite DNA Markers to Investigate the Level of Genetic Diversity and Population Genetic Structure of Coconut (Cocos nucifera L.)’, Genome, 43(1): 15–21.

Rahayu, M.S. et al. 2022. Genetic Diversity Analysis of Puan Kalianda Kopyor Coconuts ( Cocos nucifera ) From South Lampung , Indonesia Based on SSR Markers. Biodiversitas, 23(1): 205–211.

Rajesh, M.K. et al. 2008. Genetic Survey of 10 Indian Coconut Landraces by Simple Sequence Repeats (SSRs). Scientia Horticulturae, 118(4): 282–287.

Rajesh, M.K. et al. 2015. Genetic Relationship and Diversity Among Coconut (Cocos nucifera L.) Accessions Revealed Through SCoT Analysis. 3 Biotech, 5(6): 999–1006.

Ramesh, P. et al. 2020. Advancements in Molecular Marker Technologies and Their Applications in Diversity Studies. Journal of Biosciences, 45(1): 122–136.

Riangwong, K. et al. 2020. Mining and Validation of Novel Genotyping-by-Sequencing (GBS)-Based Simple Sequence Repeats (SSRs) and Their Application for the Estimation of the Genetic Diversity and Population Structure of Coconuts (Cocos nucifera L.) in Thailand. Horticulture Research, 7(1): 1–16.

Teulat, B. et al. 2000. An Analysis of Genetic Diversity in Coconut (Cocos nucifera) Populations From Across the Geographic Range Using Sequence-Tagged Microsatellites (SSRs) and AFLPs. Theoretical and Applied Genetics, 100(5): 764–771.

Upadhyay, A. et al. 2004. Genetic Relationship and Diversity in Indian Coconut Accessions Based on RAPD Markers. Scientia Horticulturae, 99(3): 353–362.

Downloads

Published

2025-03-13

How to Cite

Fatah, I. A., & Sisunandar. (2025). Analisis Keragaman Genetika Kelapa Kopyor secara Molekuler. Proceedings Series on Physical & Formal Sciences, 8, 92–98. https://doi.org/10.30595/pspfs.v8i.1479